Ahora bien:
“También sabemos que no trasportará mercancías (solo paquetería) ya que de hacerlo no alcanzaría la alta velocidad.”
¿quien ha dicho que habrá mercancias de alta velocidad? solo se dijo que irán por esa nueva infraestructura a una velocidad media de 120 Km/h. (que no llega ni por mucho a alta velocidad).
El principio de la frase se da algo por seguro (”no transportará”) y luego se deja la duda en un futuro hipotetico que no tiene nada que ver con lo priimero ya que no es condicionante para que vayan por esa infraestructura (”no alcanzaría la alta velocidad”).

De todas formas no veo necesario que el TAV navarro esté capacitado para llevar mercancias (si puede mucho mejor, aunque como muchos sepamos ya nunca alcanzaría la alta velocidad) ya que hay una red convencional preparada con creces para ello con unas conexiones más que aceptables con los grandes producores/demandantes de mercancias.